根据《国家税务总局关于推广实施商业健康保险个人所得税政策有关征管问题的公告》(国家税务总局公告 2017 年第 17 号)第三条的规定：“个人从中国境内两处或者两处以上取得工资薪金所得，且自行购买商业健康保险的，只能选择在其中一处扣除。”

因此，在两家公司上班，购买的商业健康保险只能选择在其中一处扣除。