根据《中华人民共和国印花税法》第十三条的规定：“纳税人为单位的，应当向其机构所在地的主管税务机关申报缴纳印花税;纳税人为个人的，应当向应税凭证书立地或者纳税人居住地的主管税务机关申报缴纳印花税。不动产产权发生转移的，纳税人应当向不动产所在地的主管税务机关申报缴纳印花税。”

因此，公司销售异地的不动产所签订的应税凭证，应当向不动产所在地的主管税务机关申报缴纳印花税。