根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36 号)附件 1《营业税改征增值税试点实施办法》第二十七条第四及第五款规定：“下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：非正常损失的不动产，以及该不动产所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。”

第二十八条规定：“非正常损失，是指因管理不善造成货物被盗、丢失、霉烂变质，以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除的情形。”

因此，贵司按照规划审批建造厂房后，在经营过程中，又自行单独建造了一个用于废料堆放的车间，后被监管部门发现并责令予以拆除，其建造成本对应的进项税额不可以抵扣，如果已经抵扣的，应做进项税额转出处理。