根据《财政部 税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知》(财税〔2017〕90 号)第七条第一项规定：“纳税人支付的道路通行费，按照收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额抵扣进项税额。”

根据《交通运输部 财政部 国家税务总局 国家档案局关于收费公路通行费电子票据开具汇总等有关事项的公告》(交通运输部公告 2020 年第 24 号)文第五条规定：“(一)ETC后付费客户索取通行费电子票据的，通过经营性公路的部分，在服务平台取得由经营管理者开具的征税发票;通过政府还贷公路的部分，在服务平台取得由经营管理者开具的通行费财政电子票据。(二)ETC 预付费客户可以自行选择在充值后索取不征税发票或待实际发生通行交易后索取通行费电子票据。”

因此，企业办理高速 ETC 充值卡，如果选择在充值后索取不征税发票，则不可抵扣进项税额;如果待实际发生通行交易后索取通行费增值税电子普通发票(非不征税)，则可按照通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额抵扣进项税额;若索取的为通行费财政电子票据或不征税的通行费增值税电子普通发票，则不能抵扣进项税。