根据《财政部 国家税务总局关于企业资产损失税前扣除政策的通知》(财税〔2009〕57号)第三条的规定：“企业将货币性资金存入法定具有吸收存款职能的机构，因该机构依法破产、清算，或者政府责令停业、关闭等原因，确实不能收回的部分，作为存款损失在计算应纳税所得额时扣除。”

因此，企业将货币性资金存入法定具有吸收存款职能的机构，因该机构依法破产确实不能收回的部分，可作为存款损失在计算应纳税所得额时扣除。