根据《国家税务总局关于发布<股权转让所得个人所得税管理办法(试行)>的公告》(国家税务总局公告 2014 年第 67 号)第二十条的规定：“具有下列情形之一的，扣缴义务人、纳税人应当依法在次月15日内向主管税务机关申报纳税：

(一)受让方已支付或部分支付股权转让价款的;

(二)股权转让协议已签订生效的;

(三)受让方已经实际履行股东职责或者享受股东权益的;

(四)国家有关部门判决、登记或公告生效的;

(五)本办法第三条第四至第七项行为已完成的;

(六)税务机关认定的其他有证据表明股权已发生转移的情形。”

综上所述，贵公司的自然人股东的股权转让协议已在5月签订并生效，所以应在6月15日内向主管税务机关申报缴纳个人所得税。