根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函〔2010〕220 号)第二条规定：“房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除;未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。”

因此，房地产开发企业土地增值税清算时，扣留建筑安装施工企业作为质量保证金的工程款，应当按照上述文件规定执行。