31 号文的解读1111
答：结合公告39号和最新31号公告来看，您的理解大体是正确的，不过有些细节理解上的问题。
公告39号第六条规定关于旅客运输服务，未取得增值税专用发票，可以抵扣的情况：
六、纳税人购进国内旅客运输服务，其进项税额允许从销项税额中抵扣。
（一）纳税人未取得增值税专用发票的，暂按照以下规定确定进项税额：
1.取得增值税电子普通发票的，为发票上注明的税额；也就是如果只取得增值税电子普通发票，可以进项抵扣。其他可以抵扣的情况包括取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单、铁路车票以及公路、水路等其他客票。
而31号文第一条进一步规定了国内旅客运输服务进项可以抵扣的条件：
1.限于与本单位签订了劳动合同的员工，以及本单位作为用工单位接受的劳务派遣员工发生的国内旅客运输服务；
2.增值税电子普通发票上注明的购买方“名称”“纳税人识别号”等信息，应当与实际抵扣税款的纳税人一致，否则不予抵扣；
3.相关旅客运输服务必须是2019年4月1日及以后发生的，同时，以增值税专用发票或增值税电子普通发票为增值税扣税凭证的，为2019年4月1日及以后开具的增值税专用发票或增值税电子普通发票。
因此，从您上述的描述，如果贵公司员工（包括签订劳动合同的或是贵公司作为用工单位接受的劳务派遣员工）有发生相关与生产经营有关的旅客运输服务（我理解相关服务以及开具发票日期都是2019年4月1日之后的），取得国内旅客运输服务：
1）注明贵公司/纳税人识别号的电子普通发票；或
2）注明该员工身份信息的航空运输电子客票行程单、铁路车票以及公路、水路等其他客票；或
3）增值税专用发票
以上3种可以抵扣进项税。
但是，请注意，上面的2个文针对的增值税普通发票是特指电子普通发票，如果是增值税纸质普通发票（非电子），比如税局监制的折叠票，卷票不可以抵扣进项税。因此，贵公司主管税局所说的他们开具的增值税普通发票如果指的是这种纸质增值税普通发票，是不可以用于进项抵扣的。
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相关规定：
《财政部税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部税务总局海关总署公告2019年第39号）
六、纳税人购进国内旅客运输服务，其进项税额允许从销项税额中抵扣。
（一）纳税人未取得增值税专用发票的，暂按照以下规定确定进项税额：
1.取得增值税电子普通发票的，为发票上注明的税额；
2.取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单的，为按照下列公式计算进项税额：
航空旅客运输进项税额=（票价+燃油附加费）÷（1+9%）×9%
3.取得注明旅客身份信息的铁路车票的，为按照下列公式计算的进项税额：
铁路旅客运输进项税额=票面金额÷（1+9%）×9%
4.取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票的，按照下列公式计算进项税额：
公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额÷（1+3%）×3%
《国家税务总局关于国内旅客运输服务进项税抵扣等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第31号）
一、关于国内旅客运输服务进项税抵扣
（一）《财政部税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部税务总局海关总署公告2019年第39号）第六条所称“国内旅客运输服务”，限于与本单位签订了劳动合同的员工，以及本单位作为用工单位接受的劳务派遣员工发生的国内旅客运输服务。
（二）纳税人购进国内旅客运输服务，以取得的增值税电子普通发票上注明的税额为进项税额的，增值税电子普通发票上注明的购买方“名称”“纳税人识别号”等信息，应当与实际抵扣税款的纳税人一致，否则不予抵扣。
（三）纳税人允许抵扣的国内旅客运输服务进项税额，是指纳税人2019年4月1日及以后实际发生，并取得合法有效增值税扣税凭证注明的或依据其计算的增值税税额。以增值税专用发票或增值税电子普通发票为增值税扣税凭证的，为2019年4月1日及以后开具的增值税专用发票或增值税电子普通发票。
