贵司作为承租方支付租金，要求该员工至税局取得代开发票，作为税前扣除凭证，对于取得通行费电子发票根据发票上的税额抵扣进项即可。

首先，员工将自身车辆租赁给公司使用，相当于提供了“有形动产租赁服务”，发生了增值税应税行为，因此，需要至税局代开发票并缴纳增值税，贵司取得税务机关代开的租赁费发票做税前扣除。

其次，因通行费属于贵司日常生产经营产生的合理支出，故，根据财税[2017]90 号，贵司收到的 2018 年 1 月 1 日起开具的通行费电子普通发票可以凭借发票上注明的增值税额抵扣进项。

相关规定：

《关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知》(财税[2017]90 号)

七、自 2018 年 1 月 1 日起，纳税人支付的道路、桥、闸通行费，按照以下规定抵扣进项税额：

(一)纳税人支付的道路通行费，按照收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额抵扣进项税额。2018 年 1 月 1 日至 6 月 30 日，纳税人支付的高速公路通行费，如暂未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票，可凭取得的通行费发票(不含财政票据，下同)上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额：

高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷(1+3%)×3%

2018 年 1 月 1 日至 12 月 31 日，纳税人支付的一级、二级公路通行费，如暂未能取得收费

公路通行费增值税电子普通发票，可凭取得的通行费发票上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣进项税额：

一、二级公路通行费可抵扣进项税额=一、二级公路通行费发票上注明的金额÷(1+5%)×5%

(二)纳税人支付的桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额：桥、闸通行费可抵扣进项税额=桥、闸通行费发票上注明的金额÷(1+5%)×5%

(三)本通知所称通行费，是指有关单位依法或者依规设立并收取的过路、过桥和过闸费用。